清华大学医学院成立于2001年10月25日，院长由我国著名医学科学家、两院院士吴阶平教授担任，首任常务副院长为赵南明教授，现任常务副院长为“千人计划”教授施一公。

医学院目前包括基础医学系、临床医学系、生物医学工程系、药学系和公共健康研究中心，培养临床医学、基础医学、药学、生物学、生物医学工程、公共卫生等学科专业的学生。

依托清华大学作为综合性大学的整体优势，医学院致力于培养具备人文社会科学、自然科学、基础医学及临床医学等相关基础理论知识，既掌握临床技能又具备科学研究能力，能在医学领域从事研究、医疗服务、教学及管理的医学科学家、高级临床医生、医学教育工作者和医学高级管理人才。从2009年开始招收清华大学“生命科学与医学药学实验班”，其中医学生学制8年，学生完成学业，成绩优良者将获得医学博士学位( M.D.)；药学培养学制8年，学生完成学业，成绩优良者将获得博士学位。

生物医学工程系充分发挥清华大学工科优势，推进工程技术与医学的紧密结合，2007年被教育部评为一级学科重点学科，《医学图像》、《数字信号处理》等课程建成清华大学首批精品课。

医学院充分利用清华的师资和实验室条件，完成相关理工学科基础教学任务，逐步建立起一套比较完整、先进的基础及临床医学的教学体系，吸取国内外先进的教学体系及教学方法的成功经验，部分课程采用英语授课。为此，医学院除了将在国内招聘著名的医学教授和著名医生外，还努力从国内外招聘优秀的中青年医学人才。已经引进施一公、程京、吴清玉、左焕琮、刘国松、孙方霖、张林琦、颜宁等一批知名教授和学者。此外，我院还将继续聘请海内外一批著名的教授和医生担任我院的客座教授和顾问。