科学馆位于大礼堂西南，与同方部遥相对应，是清华早期四大建筑之一，建于1917年4月至1919年9月，包工者公顺记，设计者墨菲建筑师。科学馆为三层建筑，总面积约3550平方米，红墙灰顶，黄铜大门，门额上镌有“科学”和“SCIENCE BVILDING”（英文古体拼写）。建筑结构先进，材料质地坚固。建馆之初，这里是学校理科教学和实验的场所，馆内开辟有设备齐全的大小教室、声光热力电全套的物理实验设备，以及测量、生物、化学实验设备。楼下设有巨型风机，可使全楼空气流畅。