数学院的前身－－数学系始建于1958年，是青海民族学院最早成立的系（部）之一。1983年以前设有“数学”和“化学”两个本科专业，主要为本省培养少数民族干部和中小学师资力量。随着教学改革的不断深入和经济建设发展对应用型人才的迫切需求，数学系坚持“团结、勤奋、求实、创新”的校训和“以人为本，科教兴国”的教育思想，以严谨的治学态度和务实的工作作风，立足实际、开拓进取、锐意改革，科学合理地制订和调整专业教学计划，逐步变单一专业向应用性专业发展，于1993年更名为应用数学系。1998年,按照教育部新颁布的本科专业目录，将“数学”专业规范为“数学与应用数学（含师范类）专业”。 在此基础上，本着“巩固基础学科、加强应用学科” 的基本原则，积极申报应用学科专业，自1999年起，先后成功申报了“财务管理”、“信息与计算科学”、“会计学”、“统计学”四个本科专业，且均获得批准通过；同时，积极创造条件，申报了“基础数学”、“应用数学”和“运筹学与控制论”等专业硕士学位授予权以及“数学实验与数学模型”实验室的筹建。2002年4月，青海民族学院与青海职业技术学院（前青海高等师范专科学校）实质性整合，应用数学系更名为数学系，同时正式建立财务会计系，并挂牌于数学系，实行合署办公。2004年7月，为了整合教育资源，使系科调整更加趋于规范，根据财务会计系已具备的办学规模，财务会计系从数学系整体剥离，归属于二级学院——经济管理学院。2005年6月数学系正式定名为数学学院，并于同年11月挂靠数学学院正式成立了“青海省应用数学研究所”。

历经近半个世纪的发展，数学学院已形成了一支师资力量雄厚、教学经验丰富、科研实力强劲、梯队结构合理的教学科研队伍。全院现有教职工34人，其中教授11人、副教授8人；博士研究生2人、硕士研究生（含在读）16人；省级专家1人；全国模范教师1人，省、院级骨干教师5人。

目前数学学院设有“数学分析”、“高等代数”、“几何与数学教育”、“高等数学”、“统计与计算”五个教研室和一个专业资料室，资料室藏书9400余册；设有“数学与应用数学”（含师范类）、“信息与计算科学”、“统计学”三个本科专业和“数学教育”（含师范方向、信息技术方向）一个专科专业；在校生规模达500余名。

近几年，数学学院在优化学科结构、扩大办学规模、提高教学质量、改善办学条件等方面做了大量的工作，使学科建设、师资队伍建设以及教学科研等方面都有了长足的发展，取得了令人瞩目的成绩。2003年在教育部组织的首轮本科教学工作水平评估中，受到了评估组专家的一致肯定与高度评价；2007年“数学”学科被确定为省级重点学科，“数学分析”课程被确定为省级精品课程，“高等数学” 课程被确定为省级重点课程。

四十多年来，数学学院经过上下几代人的不懈努力与辛勤耕耘，在各方面取得了显著的成绩和丰硕的成果，为各行业培养和输送了本专业科技人才3000余名，为青海省乃至西部地区的教育、科技和经济领域的发展做出了一定的贡献。目前，全院教职工更加意气风发，团结一致，紧紧抓住学校实施增强办学实力行动计划的良好契机，以坚定的决心、百倍的信心、执著的恒心和崭新的面貌，为开创民族教育工作更加辉煌的明天在努力奋斗！