C基因区，由前C基因和C基因组成。分别编码HBeAg及HBcAg。前C区基因突变，(Ahead of Region C Gene Mutation)会使e抗原表达减少或者终止，临床表现为HbeAg（-）,dan 但病情仍处于活动状态，这种类型目前被称为“e抗原阴性的慢性乙肝”。前C区基因突变的人更易发生肝硬化，甚至肝癌。用干扰素治疗无应答（无反应），而且病情容易复发。