盘锦市气象局实行辽宁省气象局和盘锦市人民政府双重领导、以省气象局领导为主的管理体制，是“科技型、基础性社会公益事业”单位。在省气象局和市政府领导下，负责盘锦市行政区域内的气象工作。

盘锦市气象局人员编制45人（其中行政编制13人，事业编制32人）。本届局领导班子成立于2006年初，由4人组成（其中局长兼党组书记1人，副局长2人，纪检组长1人）。内设机构3个：办公室（计财科）、人事政工科（监审科）、业务科（法规科）；事业单位6个：盘锦市国家气候观象台（编制15人，副处级规格，待筹建）、盘锦市气象台、生态与农业气象中心、人工影响天气办公室、气象科技服务中心、盘锦市防雷技术服务中心（地方机构）；代管盘锦市生态气候监测站（科级事业单位，地方编制3人，市财政核拨经费，站址在新生农场）；下辖大洼县气象局（站）（国家一级站，编制13人，站址在大洼镇）、盘山县气象局（站）（国家二级站，编制10人，站址在胡家镇）。