农产品生物化工教育部工程研究中心（以下简称中心）2005年经教育部批准成立，是相对独立的科研机构，依托合肥工业大学。

中心下设生物机电工程研究所、农产品分离工程研究所、生物化工与制药工程研究所、天然药物研究所、食品发酵工程研究所和文物保护生化技术研究所。现有专兼职人员48人，其中教授/研究员18人，具有博士学位的35人。

中心主要任务是以国家战略需求为目标，以技术集成创新为核心，持续不断地为社会提供工程化技术成果；研究提出行业技术标准、规范；促进国外引进先进技术的消化、吸收和创新；推动学科交叉，培养科技创新人才及管理人才；为农产品、食品加工行业和药物开发领域的发展，提供信息、咨询和技术服务；开展国际合作与交流。