鸟粪磷矿（guano phosphatic deposit）又称鸟生磷灰岩（guanophosphorite），俗称鸟粪层（guano bed），是指分布于热带的一些海洋小岛上及大陆沿岸的一些洞穴中现代生物沉积。群居的食鱼海鸟的粪便含有磷酸盐、硝酸盐、铵盐及有机质，鸟粪长期堆积形成鸟粪层。鸟粪层分解时，有机质发生氧化，易溶的盐类被淋洗，而磷酸盐部分残留在原地成鸟粪磷矿层，它含五氧化二磷10%～30%，最多达40%，还有少量的氮和钾，是很好的综合肥料。中国南海诸岛，特别是西沙群岛盛产鸟粪磷矿。亦有与鸟粪磷矿类似的矿产，如中国南方一些山洞中，蝙蝠尸骨、粪便也可堆积形成含磷、氮、钾的肥料。