内蒙古医学院图书馆成立于1956年。1991年被国家卫生部指定为全国医学文献资源共享网络省级中心馆。1990年起受自治区卫生厅委托承担全区医药卫生科技项目查新咨询工作。

图书馆现有主校区和东校区两个馆，总建筑面积22723.31平方米，其中，主校区图书馆建筑面积17274.41平方米，东校区图书馆建筑面积5448.9平方米。

图书馆现有馆藏文献总量1056805册，其中纸质文献71.7万册，电子图书33.98万册。，收藏甘珠尔经（103卷）和丹珠尔经（213卷）等珍贵文献10575册。馆藏文献坚持“保证重点、突出特色、优化结构、注重实效”的文献资源建设原则，形成了以医药学、生物学文献为主，兼顾社会科学、自然科学文献，纸质文献与电子数据资源相结合，并能满足大学生素质教育需要，质量较高、具有特色的馆藏体系。

图书馆网络化、自动化建设初具规模。开通了大型文献数据库18个，自建馆藏文献数据库6个，与兄弟院校共建《蒙医药学及相关文献全文数据库》。

图书馆开放阅览室20个，其中电子与多媒体阅览座位368个。各类阅览室每周开放80小时,自习室每天开放15小时,教研部承担着全院学生的医学文献检索与利用等6门课程的教学工作。

学校在二级学院及直属附属医院共有四个分馆和资料室。图书馆已形成主校区馆全面系统收藏、东校区馆突出临床、直属附院及二级学院分馆（资料室）各具专业特色的文献保障与网络化服务体系。