内蒙古师范大学数学科学学院前身是内蒙古师范大学数学系，成立于1952年。是内蒙古地区建立最早的数学科学高等教育的教学科研单位，是学校建院时间最长、发展最快、规模最大的院系之一。近50多年来，经过几代人的艰苦创业和不懈努力，建立了全日制本科教育、成人教育和函授教育等多种办学形式，形成了“严谨、务实、团结、奋进”的优良院风，向国家和内蒙古自治区输送了6000余名各级各类人才，其中普通本科毕业生3500多名，硕士研究生78名，函授毕业生2500多名，少数民族学生占学生总数近40％。还为全国8个协作省区培养少数民族毕业生100余名。在毕业生中涌现出一大批教学能手和科研骨干，为国家的教育事业，特别是自治区的教育事业作出了巨大贡献。同时，也造就了一支知识丰富、专业全面、不断进取的师资队伍。数学科学学院的培养目标是：德、智、体全面发展的高等学校、中等学校和各级普通中学的蒙、汉两种语言的数学和计算机教育师资，以及从事数学科研和应用工作的专门人才。

随着我国教育事业的迅猛发展和科学技术的进步，于1993年成立了数学研究所，2004年成立了数学教育研究所，与数学科学学院实行院所合一的体制，从而极大地促进了教学和科研工作的开展，带动了数学科学学院的学科建设。目前数学科学学院有一个《应用数学》自治区级重点学科；有《数学与应用数学》、《信息与计算科学》和《计算机科学与技术》三个本科专业；有《基础数学》、《应用数学》、《运筹学与控制论》三个硕士学位点，《课程教学论》和《教育硕士》两个学校共用硕士学位点；有一个信息与计算科学实验室。