南京市环境监测中心站成立于1979年11月，系国家二级监测站，隶属南京市环境保护局，是具有环境监控职能的事业单位。自1988年获得市级文明单位称号以来，已连续10次获得市文明单位、连续5次获得省文明单位称号。2008年，我站被全国妇联授予“全国三八红旗集体”荣誉称号。我站目前在编119人，高级职称27人，其中教授级高工6人，中级职称44人，技术人员比例为88.6%。

中心站根据国家、省、市环保局的要求，对全市水质、环境空气开展例行监测，监测范围涵盖全市的水体质量、空气质量、噪声与振动、生态、土壤、固体废弃物、核与辐射，开展污染源监督监测和部分重点企业在线监控，负责全市重大污染事故应急监测，以及污染纠纷与仲裁监测。同时，承担污染源评价、污染处理设施鉴定验收、环境本底调查等专项监测。为全市经济建设和环境管理提供科学依据。

中心站以服务社会为己任，是全国首家向社会发布环境空气质量周报的监测部门，成为全国城市空气环境质量周报、日报、预报的最早市级监测站。为服务于南京的生态市建设，不断拓展和完善监测能力，推进监测技术现代化建设，我站目前拥有监测用房5800平方米，仪器设备800余台套，并配有如ICP、色质联机（GC—MS）、流动注射仪等高端仪器。空气自动监测覆盖全市11个区县，自动站点从2005年的7个增加到现在的13个。冬、夏两季开展道路环境空气质量例行监测，建成全国第一个硫化氢自动监控网。首家在国内发布沙尘暴监测浓度信息。

中心站目前在南京市120条大小河道共布设监测点300多个，基本覆盖了所有河流湖泊。对长江苏皖省界、宁镇市界、夹江饮用水源地等重点水质断面实施自动监测；对北河口等6大水厂开展旬测，对11个集中式饮用水源地、30个乡镇饮用水源地开展水质监测调查。作为国家土壤调查试点城市，编写了《土壤污染状况调查质量保证技术规定》，并在全国颁布实施。在全市范围内开展土壤环境特别是有机污染物调查监测工作，涉及到全市106个网格点普查区域和4类重点区域（重点污染行业、工业园区、采矿区、蔬菜基地畜禽养殖场地）73个点位，全面反映了南京市的土壤环境状况。对主城区210个网格（1公里×1公里）进行区域环境噪声监测,对168个路段进行交通噪声监测。每季对60家企业实施厂界噪声的监督性监测。

目前中心站开展了生态遥感及地面核查、物种资源水生生态调查、典型区域生物多样性调查研究，基本形成了生态监测能力框架；负责对全市近500台射线装置、城区280平方公里的环境地表伽马辐射剂量率和电磁辐射的调查监测。我站对全市85%以上污染负荷的重点污染源及大型“三产”行业三废排放实施监督监测，监测企业达到60余家。对省控38家重点企业开展总量监测。按行业、企业性质不同，监测频次分为季、月、旬、日测。对恶臭污染源实施有效监控。

污染源在线监控系统覆盖了占全市COD排放总量60%、SO2排放总量70%的全部国控重点源和年度减排重点企业。近5年，全市投资近上千万用于监控中心、软件平台、网络通讯、等软硬件建设和日常运行；目前在线联网的污染源废水在线设备86套、烟气62套，监控点共计148个。

截至2008年12月，中心站通过国家试验室认可的监测能力达7大类、271个方法、629个参数。“十五”监测数据总量是“九五”的3.4倍，由2005年的148万跃增至2008年的780万。具有国家试验室认可的协作定值实验室、环境标志产品检验机构、无公害农产品认定检测机构、室内环境检测机构。监测能力处于国内领先、省内一流的水平。