南京化工厂子女中学始创于1968年，当时是小学“戴帽子”，附设两个初中班。1970年再度筹办，1972年9月正式创办。初办时有5名教师，90余名学生，校址暂设在火神庙。1972年底，现校舍建成，师生平整活动场地500平方米，绿化校园面积160平方米，自制实验器材和教具，建立了物理、化学实验室。在学制上实行初中两年、高中两年，与江苏省学制规定相一致。 1976年，首届高中两个班毕业生、毕业高校。 1977年，两个高中毕业班参加文革后的首次全国统一高考，有 14名学生被高校录取。 1979年，中小学行政相对独立，在行政上接受分管副厂长领导。根据南京市教育结构调整规划，招职业高班一个，为化工工艺专业，学制三年。 1980年，初中改为三年制。1983年，高中改为三年制。 1985年，中学制定了“爱校、守纪、勤奋、进取”的校风，“严谨、求真、勤勉、创新”的教风以及“勤奋、求实、深思、上进”的学风；建立了包括岗位责任制在内的十八项规章制度强化学校的科学管理。贯彻《中共中央关于教育体制改革的决定》，继续招职高班一个。 1986年，贯彻执行《中华人民共和国义务教育法》。根据国家教委关于加强在职中小学教师培养工作的意见要求，选送3名教师进市教院和省教院脱产培训。 1987年，学校修建了水泥操场1600平方米，添置了篮球架两副、不锈钢单、双杠、沙池等体育设施，建成了二层楼厕所。根据国家教委中学教师职务试行条例规定，首次在教师中评定职称，共评出高级教师3名，一级教师21名。年底，与新联厂中学、华电中学、有线电厂中学和汽轮厂中学，结成五校联合体，探索厂办校管理思路。 1988年，厂科协提供资金、建立微机室，共有紫金Ⅱ型微机十台。从此，微机操作列入学生劳动技术课内容之一。校电化教室初步建成，有投影仪、录放机、彩电等。学生参加全国十一城市英语竞赛获南京赛区一等奖一名，三等奖一名，获南京市“三防”教育先进学校。根据《中共中央关于改革加强中小学德育工作的通知》要求，贯彻《中学德育大纲》和《中学生日常行为规范》，学校开始由应试教育向素质教育转轨。 1989年10月，获区1988年、1989年年度教学工作二等奖，初三学生毕业升学考试化学单科合格率超南京市平均水平。再次获南京市“三防”教育先进学校。校女子篮球队代表栖霞区参加南京市十四届运动会，获学生部少年组第六名。学校获厂办完中体育达标第一名。 1990年下半年，贯彻国家教委颁发的《学校体育工作条例》和学校卫生条例，加强学校体育卫生工作。成立教务处和政教处，对学生德育工作进行规划和指导。根据《中华人民共和国国旗法》，每周一上午举行升旗仪式，对师生进行爱国主义教育。学校获区教育局1989年—1990年学年度教学工作一等奖。 1991年，学校贯彻实施《中华人民共和国未成年人保护法》和中小学教师职业道德规范。初三学生作文《我爱无花果》入选《全国中学生优秀作文评析大观》一书。学校获区教育局1990年—1991年学年度教学工作一等奖。 1992年，厂成立教育处，中学属教育处统一协调管理。学校修订了考勤奖惩制度。初三数学毕业升学考试成绩超南京市平均水平。学校获区教育局1991年—1992年学年度教学工作一等奖。 1994年，陆天同学获第八届江苏省初中数学竞赛三等奖，并以652分的成绩列为南京市中考榜首。工厂投资10万元，将平房办公室翻建为二层楼。学校教室全部安装吊扇。学校修订了内部分配制度。年底，学校开始了第二次教师职称评定工作，6名教师被评为高级教师职称，10名教师被评为一级教师职称。学校获南京市科技活动和人防教育先进集体。 1995年，获区教育局教育教学工作一等奖。区中小学生运动会团体第一名。学校自筹资金，充实微机室，购置286、386、486微机22台。初三毕业升学考试、优生率，合格率等各项指标，全部超市平均水平。1995年，中学有教职工55人，其中教师50人、教工5人，高级职称5人，中级职称21人，大专以上学历45人、中专5人。校舍面积1580平方米，水泥操场1600平方米，有物理实验室、化学实验室、电化教室、微机室、图书阅览室、音乐教室。学校开设11个班级，有学生400余人。中学设校长室、教务处、政教处、后勤组、团总支、有政史地、语文、数学、外语、生化、物理、音体美七个教研组。中学教育教学工作接受市、区教育局业务指导。 1997年，高原同学的中考成绩列栖霞区第一名。 1999年，范倩蕾同学的中考成绩列栖霞区第一名。 2001年，厂部及学校投资80万元建成学生微机房，更新电脑24台，开设信息技术课，对学生进行信息技术教育。 2002年，学校接入宽带ADSL，建成校园网，开始尝试将网络引入教学。 2004年，学校在微机房建成无盘工作站，再次更新学生电脑24台，至此学生微机房拥有学生电脑48台，教师电脑2台，可供学生单机操作。接着，建成多媒体教室。目前，全校教师已经能够熟练地运用课件在多媒体教室上课。 2004年12月，根据国务院关于分离企业办社会职能的统一部署，按照中石化和南京市政府的协议安排，南京化工厂子女中学正式从厂部分离出来，划归栖霞区政府管理，并更名为南京市化工厂中学。 2005年2月，按区政府部署，原太平村学校初中部撤销，师生整体并入南京市化工厂中学。原化工厂小学并入太平村学校，校舍划归中学。此时，学校相隔和燕路拥有东、西两个校区，在职教师63人，学生637人，初一6个班级，初二5个班级，初三6个班级，共17个班级。 2005年8月，燕子矶中学停招初一新生，学区划归南京市化工厂中学，初一教师也一并调入。至此，学校已有在职教师71人，学生686人，初一9个班级，初二6个班级，初三5个班级，共20个班级。 2005年，区政府、区教育局拨款100多万元，对学校进行大力改造，新接了光纤网络，每个办公室添置了电脑，再建了一个学生微机房，新建了理化生实验室，教师办公室安装了空调，办公室教室更换了塑钢窗，安装了防盗门、防盗网，教师办公条件逐渐走上现代化，校容