南昌市气象局管理机构实行上级气象主管机构与本级人民政府双重领导，以上级气象主管机构领导为主的管理体制，在上级气象主管机构和本级人民政府领导下，根据授权承担本行政区域内气象工作的政府行政管理职能，依法履行气象主管机构的各项职责。

1988年9月6日，经南昌市人民政府和江西省气象局协商，成立南昌市气象台。为南昌市政府工作部门，设在江西省气象台内，台长由省气象台领导兼任。实行省气象局与南昌市政府双重领导，以省气象局领导为主的管理体制。1989年1月1日对所辖四县气象局实行管理。1996年4月29日，更名为南昌市气象管理局。1997年8月15日，更改为南昌市气象局。2004年8月14日，经江西省气象局、南昌市人民政府研究，决定组建独立的南昌市气象局，仍实行省气象局与南昌市政府双重领导，以省气象局领导为主的管理体制。

南昌市气象局的机构规格为正处级；其下设管理机构有办公室（人事教育科、计划财务科、监察审计科），业务科技科（人工影响天气领导小组办公室），政策法规科（雷电防护管理局）3个职能科（室），为正科级；直属正科级事业单位3个，分别是：南昌市气象台，南昌市观象台，南昌市气象科技服务中心。

南昌市所属南昌、新建、安义、进贤四县气象局，实行局、站合一，其机构规格为正科级。南昌县气象局（省农业气象试验站、南昌农田生态环境监测站），进贤县气象局，新建县气象局，安义县气象局。县气象局内设办公室（雷电防护管理局）、气象业务室（气象台）、气象科技服务中心、防雷装置质量检测检验分所，分别履行县级气象主管机构的各项职责，并承担气象业务，开展气象服务工作。