1336（延元1）年，后醍醐天皇被足利尊氏推翻后逃至吉野，重新建立政权（南朝），与足利尊氏拥立的京都朝廷（北朝）对抗了57年。这半个多世纪，日本全国处于动乱之中。前期的10余年，实力强大的足利幕府对南朝实行不断打击；其后的10余年，乘幕府内乱之机，南朝势力得以复活；此后，在足利义满的统治下幕府权利得到加强，于1392（元中9）年实现了两朝合并。该动乱表面上看是围绕南北两朝皇位正统性的争斗，实际上却是足利幕府政权走向巩固的过程。同时，随着庄园制和以之为基础的朝廷、寺院和神社势力的衰落，“守护领国制”和以“国众”为中心的地方势力得以形成。