纳豆激酶素可以清除血液中不正常的血块就是中风、心肌梗塞、酸麻、老年痴呆的原凶。纳豆激酶酵素可以有效抑制低密度胆固醇(LDL)被氧化，能够降低总胆固醇及三酸甘油脂的浓度，减少动脉硬化的发生。

纳豆激酶酵素是经实验证实，可以有效降低血管中的脂肪及胆固醇的囤积，所以纳豆激酶会被世界各国称为血管的清道夫。

纳豆激酶对眼睛视网膜病变及细小血管增生具有良好的预防效用，尤其是糖尿病患者比平常人容易罹患白内障、青光眼及视网膜病变，纳豆激酶不仅可以使血液流通性变佳，也能够去除阻塞在眼球微血管当中的血栓，可以有效改善飞蚊症，科学家发现纳豆激酶酵素具有抗发炎的效果，也能减低视网膜的病变。