棉兰老岛猪笼草是菲律宾棉兰老岛（Mindanao）沿海山丘上特有的热带食虫植物。其与翼状猪笼草（N. alata）存在着近缘关系。其种加词来源于棉兰老岛。
已发现的关于棉兰老岛猪笼草的自然杂交种如下：
N. alata × N. mindanaoensis
N. bellii × N. mindanaoensis
N. merrilliana × N. mindanaoensis
? N. micramphora × N. mindanaoensis
N. mindanaoensis × N. truncata