门源县国家税务局机构设置其规格为正科级，内设机构8个，分别为：办公室、人事教育科、监察室、政策法规科、纳税服务科（办税服务厅）、征收管理科、税源管理科、收入核算科；事业单位1个：信息中心，级别均为正股级。设派出机构2个，分别是：青石嘴税务分局、东川税务分局，级别均为副科级。

门源县国家税务局现有干部职工60人，其中男同志35人、女同志25人。从政治面貌上看，中共党员19人，共青团员6人；从学历层次上看，大学33人、大专19人，大专以上学历人数占全局干部总人数的86%；从民族构成上看，汉族33人、少数民族27人，少数民族占全局干部总数的45%。从年龄结构上看，45岁以上12人，45岁以下48人，全局干部队伍呈传出年轻化态势。

目前，全县共管辖各类纳税户1063户，其中一般纳税人29户，小规模纳税人71户，个体工商业户953户；纳入综合征管软件系统的纳税人为952户，其中一般纳税人29户，小规模纳税人57户，个体工商业户856户；纳入防伪税控系统的一般纳税人为26户。

门源县国家税务局连年荣获“组织收入先进集体”，自1994年国、地税机构分设以来，1994－2009年门源县国家税务局累计组织税收收入15893万元。 2010年，县局共组织入库各项税收收入1470.3万元，完成年度计划的119.8%。