玛瑙洞高山石石洞居于大洞的尾部，相传亦为明代僧侣所开。

玛瑙洞高山石石质纯洁多光泽，似玛瑙，色泽为红、黄，称为红玛瑙石、黄玛瑙石，偶有黑中透红者。石中常隐现红、黄、黑、白各色条纹和圈点。