麻豆溪事件是一起发生于台湾荷西殖民时期1629年的麻豆社原住民反抗荷兰殖政府横征暴敛之起义事件。

事要

1629年，第三任台湾长官彼得·奴易兹派遣62名荷兰士兵深入麻豆社搜捕“汉人海盗”，但麻豆原住民由于对荷兰殖民者杀害他们同胞、要求献地，并且强迫当地青少年服劳役早有不满，但又不得不屈服于荷兰殖民者的武力，因此原住民一边假装协助，但另一方面却运用对当地地理的认识，使荷兰士兵毫无所获。

一日黄昏，62名荷兰士兵结束搜索行动，归途时经过麻豆溪，陪伴搜索的原住民便替士兵们拿枪，并背着他们帮助渡河，荷兵不疑有他，到了半途，所有的原住民忽然蹲下，将身上的荷兵推入水中，并顺势将他们强压吃水，所有的荷兰士兵全数淹死。

荷兰殖民政府报复行动

长官奴易兹闻此惨剧大为镇怒，但因滨田弥兵卫事件缠身，因而耽搁下来。及至普特曼斯继任之后，由于先前的料罗湾海战失利，又遭海盗刘香袭击热兰遮城，遂于麻豆溪事件发生后六年的1635年展开报复，11月23日，普特曼斯亲率4500名荷兰部队及2000名新港社原住民攻打麻豆社，在普特曼斯的命令下，荷兰士兵见人就杀，第一天杀死麻豆社原住民战士260名。普特曼斯并下命令烧毁所有住家，计有三千余户房子全毁。及至12月19日，麻豆社终于向荷兰人投降，并表示他们愿完成接受荷兰政府统治。

之后衍生军事行动

之后荷兰人借由此次军事行动，东征西讨，最后迫使萧垅社、大目降（今新化镇）、贝加溜湾（今安定乡）、哆啰国（今东山乡）和小琉球等社投降。直至台湾荷西殖民时期末期，原住民仍未完全顺服。