刘五店水道为天然水道，位于厦门岛东水道内东岸，东水道沿岸主要为红土台地，地势平缓，港湾深阔，深入内地达20公里。

刘五店港区码头向外50～60米处水深达6～7米，深5米以上的水域宽度约450米，向北逐渐变窄，仅20米左右；向南及西南方向水渐加深，为东嘴港、浔江向东、南方向延伸的一个深槽，最深22米。厦门北侧水道深10米以上的水域宽约1500米，在平潮时万吨级船舶可以从厦门北侧水道进入距码头50～60米的水域，出口航道即厦门东水道。进出港船舶需绕道横穿浅滩由厦门港青屿水道航行。5万吨级船不需乘潮即能通过北水道及东水道。