刘五店港区在同安县大同镇南19公里处，位于厦门北侧水道的东北方，西面正对厦门岛的高(崎)集(美)海堤。港区陆域地势平缓，陆路距同安城关32公里，距泉州70公里，有公路直通港区；水路距厦门港约18海里，距泉州后渚港约60海里，距香港300海里。

刘五店以明朝刘五在此开店而得名，早在宋元时代就已经是同安汀溪窑“珠光瓷”的主要输出港口。乾隆二十六年(1761年)，清政府在刘五店设铺，至光绪中叶，这里已成为一个贸易码头和小集镇，并有大商船开往奉天(今辽宁省)、天津、广东、台湾等地进行贸易。民国初期，每年从上海、天津等地运回北纱、大豆、羊脯等货物，从台湾运回糖和大米。

1949年10月后，刘五店港区被列为军港。1980年，在原有斜坡式突堤条石码头砌石上添加60厘米厚的钢筋混凝土，长164米，宽6米。港区仓库面积200平方米，堆场面积1400平方米。1981年9月27日，刘五店港第一次运输新鲜蔬菜直达香港，正式与香港、澳门通航，成为福建省对外开放的启运点之一。

1988年7月，刘五店港区作为厦门港东渡一期工程过驳配套码头进行建设。1989年12月竣工，总投资743万元。建有梁板高桩结构式码头1座，平台长114米，宽15米，可供2艘500吨级驳船或1艘1000吨级货轮靠泊作业，1000吨级以下船不需候潮可进出港。建成栈桥1座，长122.46米，宽8米；形成陆域面积10908平方米，仓库1座，面积为1537平方米。还有综合港务大楼1座1300平方米，以及供水、供电、运输、装卸等生产、生活设施。码头年货物通过能力为15万吨。1994年吞吐量超过20万吨。