长江扬州段四大家鱼国家级水产种质资源保护区总面积2000公顷，其中核心区面积200公顷，实验区面积1800公顷。核心区特别保护期为全年。保护区地处江苏省扬州市的长江江段，位于太平闸东 （119°31′01"E，32°25′42"N），万福闸西（119°30′25"E，32°25′36"N），三江营夹江口（119°42′05"E，32°18′98"N），小虹桥大坝（119°30′51"E，32°16′72"N），西夹江（翻水站）（119°27′94"E， 32°17′91"N）之间。核心区是由以下10个拐点沿河道方向顺次连线所围的水域：东大坝北首（119°31′35"E， 32°19′20"N）-沙头镇强民村（119°33′58"E，32°19′37" N）-西大坝北头（119°28′37"E， 32°18′13" N）-施桥镇永安村（119°29′20" E，32°16′44"N）-施桥镇顺江村（119°30′51"E，32°16′72"N）-沙头镇小虹桥村（119°30′41" E，32°16′48"N）-猪场（119°28′09"E，32°18′19"N）-场部（119°28′47" E，32°18′00"N）-沙头镇三星村（E119°30′21"，32°18′43"N）-李典镇田桥闸口（119°34′06" E， 32°20′32" N）；实验区范围为以下14个拐点沿河道方向顺次连线所围的水域：李典镇田桥闸口（119°34′06" E，32°20′32"N）-东大坝北首（119°31′35"E，32°19′20"N）-霍桥镇码头（119°31′04"E，32°20′40"N）-廖家沟大桥西（119°30′49"E，32°23′17"N）-湾头镇联合村（119°30′33"E，32°24′06"N）-湾头镇夏桥村杭庄（119°31′13"E，32°24′35"N）-杭集镇耿营（119°31′12"E，32°24′08"N）-廖家沟大桥东（119°31′21"E，32°23′19"N）-杭集镇丁家口涵（119°31′12"E，32°22′12"N）-杭集镇八圩高滩涵（119°31′50" E，32°20′18"N）-李典镇田桥闸口（119°34′06"E， 32°20′32"N）-杭集镇新联村七圩（119°35′00"E，32°21′22"N）-头桥镇九圣村江边（119°41′43"E，32°17′48"N）-头桥镇头桥闸口（119°39′11"E，32°20′37"N）。主要保护对象是青鱼、草鱼、鲢、鳙和中华绒螯蟹，其他保护物种包括长江刀鱼、胭脂鱼、江豚、中华鳖、青虾、皱纹冠蚌等。