本所是我国最早规划的水产科学重点研究机构之一,于1958年在南京成立，起初命名为中华人民共和国水产部长江水产研究所， 1965年9月由南京迁至湖北省沙市市（现为荆州市），1970年、1978年、1982年先后更名为湖北省长江水产研究所、国家水产总局长江水产研究所、中国水产科学研究院长江水产研究所沙市分所，1984年后定名为中国水产科学研究院长江水产研究所。

所内科研主体由农业部淡水鱼类种质资源与生物技术、中国水产科学院淡水生态与健康养殖两个重点开放实验室组成，主要开展水产种质资源保存与遗传育种、濒危水生动物保护、渔业资源调查评估与水域生态环境监测保护、水产养殖基础生物学与养殖技术、鱼类营养与病害防治、水产品质量标准与检测等领域的应用基础和应用技术研究。此外，还有农业部属检测中心、渔业生态环境监测中心、野外科学观测试验站、渔业资源监测站、新渔药临床试验基地、水产种质资源保存与良种选育中心、全国水产标准化技术委员会淡水养殖分技委等公益服务机构依托所内。

拥有高效液相色谱仪、气相色谱仪、质谱仪、程序降温仪、数字鱼探仪等大型仪器设备30多台件。有科学考察船4艘和综合试验基地2个。

五十年来，本所先后承担各类科研项目350多项，获得各类科研成果奖130多项，其中，国家级奖励9项，省、部级奖励64项，获全国科学大会奖的 “鲤鱼杂交一代优势利用的研究”、获国家科技进步奖的“草鱼出血病防治技术研究 ”、“中华鲟物种保护技术研究”、获农业部科技进步奖的“尼罗罗非鱼的引进、养殖及杂种优势的利用”等成果的推广应用都产生了显著的经济效益和社会效益。本所在淡水鱼类基础生物学、资源保护、育种和养殖、营养与饲料、病害防治等方面形成了雄厚的技术积累，所从事的中华鲟、鲥鱼、大鲵、胭脂鱼等濒危水生动物的生物学、资源保护和繁殖等研究多属于开创性研究，其技术方法处于国内外领先水平。

本所现有在职职工141人，其中有科技人员106人。科技人员中有研究员9人，副研究员21人，中级技术职务34人，初级技术职务41人。具有博士学位10人，硕士27人，在读博士5人，政府特殊津贴享受者13人。

分别与华中农业大学、西南大学共建水产养殖学科博士点。与美国、日本等20多个国家的科研和教学机构建立了合作关系。为古巴、孟加拉等10多个国家提供了技术援助。 随着科技体制改革的深化，本所确立了“立足科研、提升创新能力，拓展空间、支撑行业发展”的宗旨，各项工作稳步推进，努力在今后的工作中取得更大的成绩，为国民经济发展作出更大的贡献。

目前本所已经由荆州搬迁到武汉，新的地址为：湖北省武汉市东湖新技术开发区武大园一路8号，邮政编码：430223