长江大胜关长吻鮠铜鱼国家级水产种质资源保护区总面积7421.03 公顷，其中核心区面积403.43 公顷，实验区面积7017.60公顷。核心区特别保护期为4月1日-6月30日。保护区位于江苏省南京市江宁区、雨花区、浦口区、建邺区和下关区的长江江段，范围在东经118°29′32″-118°43′34″，北纬31°49′56″-32°05′35″之间。其北岸是：驻马河、骚狗山、啧河、七坝、西江口、九袱洲、棉花码头；南岸是：立山、仙人矶、下三山、新沟、大胜关、秦淮新河、三汊河。保护区江段总长40公里，其中核心区为秦淮新河口至建邺区江心洲尾北岸的长江大胜关水道，范围在东经118°39′31″-118°43′26″，北纬31°58′41″-32°04′21″之间。实验区为江宁区新济洲头至潜洲尾的长江江段，范围在东经118°29′32″-118°43′34″，北纬31°49′56″-32°05′35″之间。主要保护对象为长吻鮠、铜鱼，其他保护物种包括中华鲟、胭脂鱼、中华绒螯蟹、刀鲚、暗纹东方鲀、江黄颡、长鱯等。