连云港海通联运有限公司的前身是连云港市联运总公司，组建于1984年10月，是一个以经营铁路、公路多式联运为主营项目，具有独立法人资格的全民所有制企业。原隶属连云港市交通局，在市政府机构改革实行“政企分开”后，于2002年转属连云港市海通集团有限责任公司。公司下设办公室、财务科、安全科、劳资科等4个职能科室和新浦分公司、海州分公司、连云港分公司、墟沟分公司、盐坨分公司、铝型材总汇、集装箱分公司等7个二级基层分公司，以及金联出租车公司、中联旅行社2个独立法人的全资子公司。公司拥有土地1块，计9余亩（解放东路253号）。主要向社会提供运输中介服务、物业管理服务、汽车出租、旅游服务等。

2004年8月30日，市联运总公司改制为连云港海通联运有限公司。公司管理中心位于连云港市新浦区解放东路新浦东火车站内。分设管理机关和基层单位两级机构。机关设行政办公室、财务科、劳资科、安全科等4个职能科室。基层设新浦分公司、海州分公司、墟沟分公司、盐坨分公司、连云分公司、集装箱分公司等6个非独立法人单位和中联旅行社、金联出租汽车有限公司、型材市场等3个独立法人子公司。

改制后，通过盘活存量资产、以改建型材市场形式开发房产、加大出租汽车投入等举措，偿还了原市联运总公司遗留的历史债务约600余万元，解决了大量的历史遗留问题。于2007年一举打破亏损9年的坚冰。目前已经形成了专业建材市场物业管理、房地产代建管理、出租汽车经营管理3大利润中心，年创收入500余万元，为改制前的10倍。截止2009年，公司经营资本规模已逾千万元，约为注册资本的10余倍。