利益缺损填补原则，是立法者在正当的经济利益与环境利益之间建立一种有效可行的补偿救济机制，使得两种利益中因任何一者增进而造成的另一者的缺损均能得到有效补偿，从而达到两者利益的分配公平。这种补偿可以等量，也可以欠量，但以社会公平或者社会价值取向能够容忍的水平为最底线。利益缺损填补原则应当以紧迫利益优先原则为前提，在某种程度上实现利益总量的最大化。

利益缺损填补原则主要适用于环境公益和经济私益之间以及经济私益之间关系的调整。填补的利益以信赖利益为限。实际上，由于可信赖利益在现实中往往不可准确估量，因而可以根据当地实际情况对利益受损者予以欠量补偿，以利益受损者的正常水平为底线，以可期待利益为上限。

利益缺损填补原则实质上是对效率和社会公平正义之间的平衡。