《孔子学刊》的创办对于孔子研究院，乃至中国儒学研究、传播与交流具有不可代替的重要意义。孔子为中国文化之中心，儒学为华夏文明之主干，曲阜乃东方人文之圣城。孔子研究院乃国务院批准设立，是曲阜唯一进行孔子儒学研究的专门机构，自不敢后人。立足于此，《孔子学刊》将不负海内外之厚望，本着和而不同、求同存异的原则，力求深学术、高品质，“博学于文，行己有耻”，力争创立为儒学研究与交流的重要平台阵地。

《孔子学刊》于2010年创刊，每年至少出版一辑，采用以书代刊形式，面向海内外公开发行。自《孔子学刊》筹备以来，孔子研究院领导为此付出了很大精力与心血，专门成立了学刊编辑室进行相关工作。经过大家的共同努力，本刊在学界引起了极大地反响，得到了诸多著名学者的关注与支持，叶选平先生为本刊题写刊名。本刊第一辑已经确定由上海古籍出版社于2010年年底出版发行。