空军航空兵13师的前身为1950年4月在四川新津机场组建的西南军区司令部航空处空运队。该空运队所属的飞机有华北军区航空处空运队抽调的2架C-46、1架C-47以及西南军区接收的原国民党空军的4架C-46和随后从北京空运队调来的3架C-46。（C-47型机1架因不适于高原高空飞行后调回归建），首任队长谢派芬系起义的国民空军军官学校上尉飞行教官。空运队当时主要担负支援陆军第18军进藏的空运空投任务。

1950年11月24日，在从苏联进口伊尔-12型高空运输机后，空运队扩建为空军高空运输团，向黑樱任团长（向后来曾担任空13师副师长，接下来的历史并不光彩。这个参加过长征的红军干部进城以后没有能够抵御得住酒绿灯红的考验，被不法奸商拉下水，因参与走私等违法犯罪行为被西南军区逮捕法办）。

1951年4月，以空军高空运输团为基础，抽调长春第2航校高空运输训练大队空地勤人员和部分运输机，在四川新津组建了空13师，首任师长刘绍堂。当时该师共876人，飞机47架，

下辖第37、39团，不久又组建了第38团。

该师曾参与了康藏地区配合地面部队剿匪作战；1956年5月，在空军独立第4团的配合下，空13师副师长韩琳机组驾驶5116号伊尔-12型运输机由青海玉树机场飞抵西藏当雄机场完成了北京至拉萨的试航任务；1958年空13师出动伊尔-12运输机参加了支援甘南、青海部分地区平叛作战；1959年，该师又派出运输机支援西藏拉萨、山南地区平叛作战，直至1961年匪患基本肃清。

1962年4月，空13师划归空降兵第15军建制，并以该师运-5独立大队为基础，扩建了1个运-5独立第6团。1964年10月16日，空13师第39团郭洪礼机组驾驶15503号伊尔-12运输机载着科学仪器和科研人员，冒着生命危险在我国第1颗原子弹爆炸后不到半小时即飞入现场，先后两次准确的穿越蘑菇云，圆满地完成了空中收集样品的任务，荣立集体1等功。

1966年1月，从前苏联进口安-12运输机后，空13师新扩建了独立运输第10团，同年6月，空13师由空降兵15军调出，直接归武汉军区空军领导，1985年武空撤销后改属广空建制。

该师除执行军事运输任务外，还先后多次参加过抗洪抢险、抗震救灾、人工降雨、扑灭森林火灾、科研试飞以及支援民航运输等任务。涌现出“昆仑雄鹰大队”（39团3大队）、“忠于职守勇于献身保证安全的模范机组”刘晓莲机组、“雷锋式的机务战士”37团机务2中队机械员彭正彪等英模任务。以现任空军指挥学院政治部副主任刘晓莲（原空13师副政委）、广州军区空军副参谋长岳喜翠（原空13师副师长）等为代表的中国女飞行员大多集中在该师。另:空13师师部在汉口，下属汉口王家墩，河南开封，湖北当阳三机场，各住一个团,汉口机场马上要拆迁,新阳逻机场即将建成!