民国27年，各县政府成立第五科，管理地方武装和警卫，由警佐转任科长。民国29年，改称军事科，内分组训、征募两股。民国30年复称第五科。民国32年曾与国民兵团合并，次年裁撤。民国34年复设，下设组训、治安、征募股和新兵管理所。民国36年，复称第五科，兼辖保安业务。民国37年复称军事科，编配中校科长1人，少校、上尉科员5～10人，书记、服务员各1人。