金华市疾病预防控制中心的前身是金华市卫生防疫站，创建于1963年6月，2001年12月卫生防疫体制改革重组为金华市疾病预防控制中心。本中心的主要任务是开展疾病预防与控制、应急预警与处置、疫情收集与报告、卫生监测检验与评价、健康教育与促进、应用研究与指导、技术管理与服务等，是全市疾病预防控制工作的业务技术指导中心，温州医学院、浙江省医学高等专科学校的教学实习基地。

目前，中心设有防疫科、地方病慢病防治科、健康教育所、职业病防治所、公共卫生科、理化检验科、微生物检验科、皮肤病性病防治中心门诊部、办公室、财务科等10个科室。现有在职职工85人，其中专业技术人员73人。专业技术人员中高级职称16人，中级职称31人，初级职称22人。

中心实验室拥有原子吸收仪、气相色谱仪、液相色谱仪、酶标仪等一批检测设备；建立了毒物实验室、HIV初筛实验室、PCR实验室、P2实验室等专项实验室，在卫生检测、传染病监测、化学毒物分析等方面达到较高水平，于2002年通过浙江省质量技术监督局组织的计量认证评审。

中心成立以来，全体干部职工在各级领导的关心和支持下，克服困难，艰苦奋斗，努力工作，积极投入防治非典、禽流感等疾病预防控制工作中，取得了一个又一个成绩，先后被省委省政府和市委市政府评为防治非典工作先进单位，省级青年文明号，市级文明单位、创建学习型组织先进单位、创建卫生城市先进单位等一系列荣誉称号，为金华的社会经济发展作出了应有的贡献。