酵母单杂交系统（Yeast one-hybrid system）是上世纪90年代中发展起来的研究DNA-蛋白质之间相互作用的新技术。它的基本原理是将已知顺式作用元件构建到最基本启动子 （minimal promoter，Pmin）的上游，把报告基因连接到Pmin下游。将编码待测转录因子cDNA与已知酵母转录激活结构域 （transcription-activating domain, AD） 融合表达载体导入酵母细胞，该基因产物如果能够与顺式作用元件相结合，就能激活 Pmin启动子，使报告基因得到表达。利用酵母单杂技术，可识别结合DNA的蛋白质；也可在酵母细胞内研究真核生物中DNA-蛋白质之间的相互作用；同时也能通过筛选DNA文库直接获得与靶序列相互作用蛋白的编码基因。