吉林省兽医科学研究院始建于1959年，现隶属于吉林省畜牧业管理局。该所坐落在长春市长春公园西侧。建所初期其人员组成是在原吉林省农业厅兽医化验室的基础上，从当时的长春农学院挑选一批专家教授，吸收了原辽东省牛传染性胸膜肺炎指导站的部分人员，又接纳了当年的大学、中专毕业生。第一任所长由吉林农业大学副校长萨音兼任，是专门从事动物传染病、寄生虫病研究为主的科研机构，是新中国成立较早的兽医科研单位。

建所以来，始终坚持以科技创新为本，科学技术必须为经济建设服务，努力把科研和生产紧密结合起来。经过长期的艰苦奋斗、发展壮大和不断创新，在多种畜禽疾病的病原学、流行病学、发病机理、诊断和检疫、免疫和防治、分子生物学技术研究以及科技开发、人才培养、基础设施和基本建设等方面都取得了显著成绩。

在七十年代，研究所明确了“出成果、出人才、出效益”的目标，期间产生巨大社会效益的“消灭猪囊虫病综合防治措施”等九项科研成果受到省科委的奖励，其中以赵辉元研究员为首的研究人员进行的“吉林省家畜寄生虫区系调查”获得了重大科技成果奖。进入八十年代科研速度进一步加快发展，取得了“牛副结核补体结合反应诊断方法的研究”、 “猪气喘病微量全血酶联免疫吸附试验诊断方法的研究”等一批较高水平的科研成果，并研制开发出一批科研中试产品，如治疗乳牛疾病的“乳黄散”、“宫炎康”、“鸡新城疫—法氏囊二联高免卵黄液”等，为控制和消灭畜禽疫病提供了技术保障；步入九十年代以来，开始了由单一兽医学科向综合畜牧饲养、兽医防治配套多学科方向发展，研究深度从表象的防、诊、治，向细胞生物学和分子生物学的精深方向发展。“应用免疫学方法提高猪瘦肉率的研究”是农业部攻关课题属国内首创；进入二千年以后 ，科研成果有了显著的进展，从一般生物实用技术到分子生物学研究，从免疫胶体金技术到计算机应用软件研发，涉及领域不断拓宽。科研人员深入基层，结合实际选择研究项目，为牧业生产与动物源性食品安全体系建设提供技术支持。在此期间共完成地方标准制定22项，目前还承担国家行业标准制定项目2项；共取得“鹿结核－副结核 二联灭活苗研究”、“ 羊脑包虫病早期诊断与治疗的研究”、“ 小鹅瘟蜂胶佐剂灭活疫苗的研究”等30余项科研成果，其中获省科技进步三等奖6项、二等奖2项、省政府一等奖1项。另外编著学术专著《人兽共患寄生虫病学》、《新农村建设丛书—兔病防治200问》等多部。