基因关联(epistasis)—对于某个基因为特定的等位基因，而其他基因取不同的等位基因时，生物体将表现出不同的物理性状。某个基因的特定等位基因对于生物体呈现为某种性状可盲目起到促进作用，也可能起到抑制作用。因此，生物体的物理性状决定于某些基因的等位基因的特定组合，这种现象称为“基因关联”效应(epistasis)。

由于基因关联效应的存在，我们不能测量单个基因的形态对生物体适应性的影响程度。当基因的某个等位基因使得生物体在某种环境下表现出良好的适应性时，在其他环境下却可能是致命性的。所以，我们不可能独立地选择和确定单个基因的等位基因，而不考虑其他基因的等位基因。因此，在关于生物体进化过程的系统适应性分析中，当系统结构的改变呈现为基因关联时，适应计划单纯地改变系统结构的单个基因将不会产生良好的适应行为。实际上，适应计划需要测试不同的等位基因构成的系统结构的适应性，探索构成特定关联关系的等位基因模式，即包含特定元素的系统结构，才能完成系统的适应过程。