基因治疗中的基因干扰（gene interference），是指采用特定方式关闭或抑制致病基因的表达，以达到治疗疾病的目的。

常用的方法是反义RNA、反义RNA核酸加核酶、三链DNA、干扰RNA（interference RNA，RNAi），抑制基因的表达。此类方法常用于肿瘤和病毒的基因治疗。