根据《中共惠州市委、惠州市人民政府关于印发〈惠州市人民政府机构改革方案〉的通知》（惠市委发〔2009〕25号），设立惠州市交通运输局，为市人民政府组成部门。

职责调整

（一）将原市交通局的职责、原东江航道局航道行政执法、原市公路管理局管辖的惠城区公路路政执法、港务管理局管辖的惠城区港口行政执法和全市内高速公路路政执法职能划入市交通运输局，市公路管理局、港务管理局管辖的其它县（区）行政执法职能下放到县（区）交通运输部门。

（二）取消和调整已由市人民政府公布取消和调整的行政审批事项。

（三）取消公路养路费、公路运输管理费、公路客运附加费、航道养护费、水路运输管理费等五项交通规费的管理职责。

（四）将交通行业的事务性工作逐步交给事业单位或社会组织。

（五）加强综合运输体系的规划协调职责。

（六）加强统筹区域和城乡交通运输协调发展的职责。

主要职责

（一）贯彻执行国家、省和市有关交通运输、港口、邮政工作的方针、政策和法律、法规；协调邮政行业有关工作。

（二）主管全市交通运输行业（公路、城市公交、水路、港口）和协调轨道交通、铁路、民航、邮政管理工作，制定全市交通、港口行业和参与制定全市邮政行业的发展、中长期发展规划、年度重点基本建设和基础设施改造计划并组织实施。

（三）负责公路运输、旅游客车运输、城市公交运输、出租小汽车管理及公路运政管理；负责客货站场、停车场、汽车租赁、物流、机动车维修、技术性能检测等交通运输服务行业管理；负责全市公路、跨省、市客货运输线路和运力投放、市区出租小汽车运力投放的计划、管理和招标工作；制定竞投专项资金使用计划，并组织实施。负责机动车驾驶学校和驾驶员培训的行业管理工作。

（四）负责水路运输、水路运输服务、船舶代理、外轮理货、引航、港口、水路运政管理；负责本市港区内岸线、水域的分配使用和辖区内通航水域、岸线的使用的行业管理；依法审核港口工程项目和港区范围内配套工程建设项目；协助水上救助打捞和反走私工作。

（五）组织和协调交通工程建设的实施和管理。负责交通建设项目的立项、审批（核）和上报工作；协调和参与交通建设资金的筹集，负责交通建设资金的拨付和监管；负责公路、水路交通建设工程的质量监督和造价管理。

（六）编制全市交通专项资金年度计划并统筹安排使用；会同物价部门研究制订交通、港口行业的收费项目和收费标准，并监督实施。

（七）负责公路、桥梁、隧道通行收费站和公路交通稽查站的监督管理工作。

（八）负责全市交通运输应急指挥；组织、协调本市综合运输的衔接和旅游运输、重点物资运输、重大节假日期间的旅客运输。

（九）监督和指导交通、港口行业的安全生产工作；指导相关行业协会工作。

（十）组织制定全市交通、港口行业和协调制定邮政行业的科技政策；指导、监督交通、港口行业技术标准和规范的实施；组织交通、港口行业和参与协调邮政行业的环境保护与重大科技项目的开发和推广运用。

（十一）组织、协调和参与交通、港口系统利用外资工作，开展国际交通经济技术业务的合作与交流。

（十二）承办市政府和省交通运输厅交办的其他事项。