旧址位于现在的京都市上京区东西一町南北二町室町地区，室町时代足利将军家邸宅的通称。南北朝时代，足利尊氏开设幕府于京都（足利幕府）与南朝势力对抗，足利尊氏去世后，其子足利义诠叙任正一位征夷大将军一职，居住于京都三条坊门，当时足利义诠买下了室町季显的宅邸并建筑了一座小小的花亭作为自己的别第，后来足利义诠将此宅邸献给了崇光天皇，因为新御所建有花亭，所以崇光天皇赐名花之御所，但后来御所为南北朝战乱焚毁。将军足利义诠去世后其子足利义满叙任征夷大将军，义满在统治时期结束了南北朝近半个世纪的对立，三代将军足利义满于1378年在京都北小路室町崇光天皇御所旧址上将今出川公直被大火焚毁的宅邸拼在一起（东西1町、南北2町）开始营建足利家的宅邸，1379年室町邸的寝殿完工，1381年，室町第完工，足利义满将居住地由三条坊门迁入室町第。足利将军居住的室町第是京都天皇居住的京都御所的两倍，其中反映了足利义满对京都公家文化的喜爱及幕府的强大财力，就在室町第建造的同时，足利义满修筑了京都室町大道，由此将军可直接由室町大道前往京都一条拜谒天皇。

室町第的庭院内引入鸭川江水，摆设了全国各地守护大名献上的奇花异草，四季开放。这时，花之御所的名称才正式确立下来，足利义满还与后円融天皇及关白二条师嗣在花之御所一同蹴鞠开和歌会。1394年，足利义满让其子足利义持担任征夷大将军一职，自己搬入新建的北山邸（今京都鹿苑寺），足利义满死后足利义持搬入北山邸，室町第成为别第，直到六代将军足利义教时才搬回室町第。

室町幕府八代将军足利义政在位时，日本爆发应仁之乱（1472年），近二十多守护大名纷纷从领国率领军队到京都加入东军和西军，二十万军队云集京都将军的眼皮子地下混战，守护大名的领国也在不断混战，十一年后东军西军议和应仁之乱结束，京都经历十一年的战火被夷为平地。幕府失去全国的统治权，日本进入战国时代，八代将军足利义政居住的花之御所也为战火焚毁，之后，足利义政开始剥削百姓募集金钱新建了一所宅邸（此时京都地区闹饥荒数万死尸堵住了加茂川）——东山邸，并搬了进去，抛弃了花之御所。之后的历代室町幕府将军们小规模的重建了花之御所的部分建筑，但还是无法重建到原先的规模，将军也没有固定的居住地。室町幕府十三代将军足利义辉于1559年在幕府有力守护大名斯波氏（早已没落为一介小大名）位于京都二条的宅邸旧址上营建二条御所，此后将军便居住于二条御所，1565年，畿内霸主三好家家臣松永久秀联合三好三人众围攻二条御所，弑杀将军足利义辉，二条御所被焚毁，室町幕府十五代将军（最后一代）足利义昭（足利义辉的亲弟弟）被织田信长拥立进入京都，足利义昭名正言顺的继任征夷大将军，在京都暂时居住于相国寺（足利将军家菩提寺），后来织田信长在二条御所旧址上为足利义昭修筑二条城（保护好自己手中的“棋子”，室町幕府将军早已没有实权，但毕竟是天下武士们的共主，此举为挟天子而令诸侯），是一座京都的城中之城，修筑的甚为牢固，后来足利义昭与织田信长对立，织田信长放逐足利义昭，持续了235年的室町幕府灭亡。室町第花之御所旧址此时已荒废多年无人问津，江户时代德川家结束了自应仁之乱后长达百年的乱世，在江户开设幕府，因战乱而出逃京都的公卿们纷纷回到京都，京都开始重建，花之御所的旧址也淹没在历史的进程之中。成为室町幕府足利将军家的辉煌的见证。

现今在京都花之御所的旧址的是民用建筑，很难找寻当年花之御所的身影，不过，室町第花之御所的相国寺被保存了下来，相国寺内供奉着室町幕府所有十五代将军的木像，部分损毁严重。