袁世凯利用军事优势与政治手腕，在南北议和中取得绝对优势。不久，孙中山让位于袁世凯，政府迁都至北京，史称北洋政府。于此时期，中华民国遭遇两次危机，一次是袁世凯欲称帝的洪宪帝制，最终因蔡锷、唐继尧与李烈钧等人发起护国战争（又称云南起义）推翻袁世凯政府。另一次为张勋发动的溥仪复辟，最终被段祺瑞所击败。而后段祺瑞废除《临时约法》，孙中山随即发起护法运动，于广州建立护法政府，军政时期开始。