清朝，1734年建立海拉尔城，隶属五大将军属地——黑龙江将军。雍正年间，清政府开始注重边防建设，在呼伦贝尔境内设12处卡伦，并迁大兴安岭东麓布特哈八旗索伦（今鄂温克、达斡尔、鄂伦春)和巴尔虎，到岭西呼伦贝尔地区戍边。从此，呼伦贝尔地区进入了人丁日益增多的历史新时期，修筑了“呼伦贝尔城”。

呼伦贝尔府府治呼伦贝尔（今内蒙古自治区海拉尔市）。辖区东连布特哈府，西及西北与俄罗斯外拜喀尔州隔阿尔古纳河相望，东北邻黑龙江府，西南与蒙古车臣汉部接壤，直辖全府。1913年废。