十七世纪初，建州女真兴起于赫图阿拉（今辽宁新宾），控制了女真各部。万历四十四年（公元1616年），努尔哈赤创建后金，并逐渐向内蒙古草原进行扩张。蒙古察哈尔林丹汗（虎敦兔汗）雄踞一方，也有重新统一蒙古的雄心。位于后金和察哈尔部之间的科尔沁六部和喀尔喀五部，成为双方争夺的重要对象。科尔沁部部长明安和喀尔喀部的锡伯、卦勒察两部曾参加反建州的九部联军，失败后科尔沁部嗣部长奥巴首先服于后金。林丹汗率部逾兴安岭攻奥巴，被后金军败于赵城（今内蒙古克什克腾旗境内）。喀尔喀五部中的锡伯、卦勒察两部也先后为后金和林丹汗攻灭，其余巴林、翁牛特、扎鲁特三部亦相继臣服于后金。后金还诱使作为察哈尔东部前锋的土默特、敖汉、奈曼、喀喇沁四部离林丹汗而附已，林丹汗势力日削。

明崇祯元年（公元1628年），后金兵大破林丹汗于锡尔哈、锡伯图、英汤图一带（今内蒙古林西至克什克腾旗一线），林丹汗势力被逐出西辽河流域。崇贞五年（公元1632年），后金主皇太极会同归附的蒙古各部大举进攻林丹汗。后金军冒雨西进，越兴安岭至达勒鄂漠（今内蒙古克什克腾旗达来若尔）。林丹汗不意敌军突至，渡上都河西奔，部众沿途散走十之七八。林丹汗逃至喀喇莽乃（今内蒙古商都），闻追军将至，仓猝走归化城（今呼和浩特），又西渡黄河而南。后金军在追击中飞骑散发布告，瓦解察哈尔部众。皇太极进归化城后，兵骑四出，俘获甚众，土默特余部亦降于后金。

明崇祯七年（公元1634年），林丹汗在青海去世。次年，后金军继续进攻察哈尔余部，林丹汗之子额哲奉母献传国玺归降。鄂尔多斯部也为后金所并。至此，漠南蒙古全部统一于后金。