洪澄源（1549年－1608年），字子定。福建晋江人。明朝政治人物。

洪澄源为洪富之孙。万历元年（1573年）中癸酉科举人，万历十四年（1586年）中丙戌科进士，授户部主事，历官郎中。官至贵州按察副使，平定杨应龙之叛。历官贵州按察使、云南右布政。