合肥市畜牧水产局是市人民政府主管畜牧业、水产业的职能部门。主要职责是：贯彻执行国家畜牧业、水产业方面的法律、法规和方针政策；负责畜牧业、水产业的政策调研，提出我市畜牧、水产等相关产业的法规、规章及政策，经批准后监督实施；组织制定全市畜牧、水产经济发展战略、中长期发展规划、年度工作计划，经批准后组织实施；指导全市畜牧业、水产业的生产、结构和布局调整，负责产业化工作；掌握畜牧水产生产流通发展动态和趋势，提出我市产业结构、市场布局、资源配置及产业间综合平衡、财政扶持等建议；负责畜牧水产行业管理；负责畜牧业、水产业科技成果推广工作；负责畜牧水产良种引进和推广工作，组织畜牧业、水产业对外经济合作，引进外资和交流活动；指导畜牧业、水产业的科技培训；负责制定全市动物疫病防控、兽医医政、兽药药政规划和工作计划，经批准后组织实施；负责组织实施动物疫病的紧急处置、控制和扑灭工作；负责动物防疫、检疫行政管理；牵头负责全市畜水产品质量安全监管，组织协调相关部门履行畜水产品质量安全监督管理职责，保障人民群众畜水产品消费安全，维护社会公共安全；负责全市渔政渔港监督管理和渔船检验；负责全市渔业安全生产工作；管理全市渔业资源、维护畜牧业、水产业生产及畜牧水产业生产者权益；协助有关部门保护珍稀动物；负责全市畜牧水产系统生产发展统计；承办市政府交办的其他事项。