合肥市动物卫生监察支队、稽查大队成立于2005年10月，办公地点设在合肥大厦五楼，办公面积450平方米，现有执法25人，执法车辆4辆，同时向社会开通了畜产品24小时举报热线和兽药饲料举报热线。 合肥市动物卫生监察支队下辖城区3个大队：市动物卫生稽查大队、市检疫监测大队、市防疫监察大队。其主要职责：负责全系统畜产品质量安全监管工作的组织、指挥、协调；负责组织协调各大队统一执法行动；负责畜水产品质量安全工作计划的和组织实施；负责行政许可工作及兽药饲料市场监管；负责违法违规经营畜水产品及投入品案件的查处；负责畜水产品质量安全监管突发事件的应急处置。

合肥市动物卫生稽查大队主要职责：具体负责城区各类畜水产品经营场所的日常巡查，受理畜水产品质量安全投诉举报；负责外来牛羊肉报验管理；负责市场举办者查证验物的监督检查。

2005年以来，在合肥市畜牧水产局的直接领导下，支队和大队不断加强思想、组织、作风建设，各项业务水平有了长足发展，执法能力进一步提高，出色地完成了畜水产品质量安全监管重任，净化了畜水产品经营市场，保障了养殖业健康发展，维护了人民群众消费安全和公共卫生安全。