为了防止涵洞沉降缝漏水，沉降缝接头应做好止水处理。尤其是有压涵洞，为了防止由于内水压力或真空所造成的破坏，更要做好沉降缝的接头止水。

拱涵、盖板涵的沉降缝常采用涂沥青木板、浸过沥青的麻絮填塞。

现场浇筑的刚结点箱涵沉降缝可设置金属片（铜、镀锌铁片）或塑料止水。