建于1956年12月，行政上归海西自治州领导，下辖三个县级税务局，一个基层税务所，共有税务干部47人。1961年根据精简机构、调整人员的指示精神，税务干部人员总数减到40人，业务上归柴达木行政委员会财政局领导，1980年成立海西州税务局，1980年8月与财政局合署办公，1982年根据省编委、财政厅等部门的联合通知，税务干部总编制达170人，才仁同志任税务局局长，何玉成、王宝善同志任副局长，内设机构为税政一、二科、监察科、稽查队、征管科、人事教育科、办公室等。下辖格尔木、德令哈、都兰、乌兰、天峻、冷湖、茫崖、大柴旦税务局。 1994年机构分设后，海西州国家税务局成立，隶属于青海省国家税务局，担负海西地区国税征收管理工作。目前主要负责辖区内增值税、消费税、车辆购置税、企业所得税、个人储蓄存款利息所得税等各税种的管理和办理出口退（免）税。海西州国家税务局机关内设办公室、人事科、教育科、监察室、政策法规科、征收管理科、货物与劳务税科、所得税科、财务管理科、收入核算科、纳税服务科、机关党委，2个直属机构（稽查局和直属税务分局），2个事业单位（信息中心、机关服务中心）。下辖8个市、县、行委国税局。全系统共有500余名干部职工。

目前全州国税系统共管辖纳税户6849户，其中企业纳税人1624户，个体纳税户5225户，增值税一般纳税人457户。2009年全州累计实现税收收入517416万元，完成年度计划的116.27％，首次突破50亿元大关，创海西国税收入历史新高，收入总额占全省国税收入总量的一半以上，位居全省首位。