中日甲午战争后，中国海军在困境中逐步整顿和重建。不久，设立长门闽江要塞司令部，统一指挥沿江炮台和管理防御设施。宣统三年九月(1911年11月)，长门闽江要塞总司令陈恩焘率领要塞炮兵400名，会同船政水师营官兵200名，增援福州革命党人光复福州。

中华民国海军部成立后，改长门闽江要塞司令部为闽口要塞总台部。民国22年10月24日，海军部公布《海军闽口要塞总台部暂行组织条例》，规定闽口要塞总台部隶属于海军马尾要港司令部管辖指挥。组织条例规定闽口总台部设上校总台长1名，少校台长5名，上尉台长2名，中尉台长1名。还设中校参谋，少校、上尉副官、军械官、军需官、军医官、书记官和少尉军医官各1名，还有少尉水雷管理员、准尉总弹药库管理员、电机管理员、特务长各1名。

海军闽口要塞总台部在抗日战争中随着福马地区被日军占领而撤销。