主要担负着对进出关境运输工具、货物和物品监督管理，征收税费，查缉走私，编制海关统计和办理其他海关业务的任务。业务门类齐全，现中国大陆海关所有的各类业务厦门海关都有，陆、海、空运输方式均有。有些业务门类是全国海关独有，如大嶝对台小额商品交易市场是全国独一无二；又如出口监管仓入库退税全国只有在厦门海关和深圳海关试点；厦门海关还担负着对金厦直航监管业务；厦门区港联动试点工作正稳步推进，已于2005年下半年验收通过。