国务院发展研究中心港澳研究所的主要职责是：根据《香港基本法》、《澳门基本法》和港澳地区的形势发展和变化，承担有关港澳问题的课题研究，促进港澳地区的繁荣与稳定。

该所主要研究港澳地区的政治、经济、社会、文化、宗教等问题；组织、参加关于港澳问题的专题研讨会、报告会和国内外学术会议；编辑出版中文研究刊物；开展与海内外其他港澳问题研究机构的学术交流与合作。