1938年4月，武汉被日寇三面包围，武汉大学在以杨端六为首的迁校委员会的领导下西迁至四川嘉定（今四川乐山），同时农学院并入中央大学。此时，四年级学生尚留在武汉的学校本部，故乐山的校址称着国立武汉大学嘉定分校.

乐山时期，武大在极其艰苦的条件下，迎难而上，坚持教学与科研工作的正常开展，在最困难的环境里创造了历史上最辉煌的成就。时任校长为著名教育学家王星拱.

1946年10月，国立武汉大学复员武昌珞珈山，同时恢复农学院，设立医学院。时任校长为法学家周鲠生教授.