光绪三十年（1904年），两广总督岑春煊创办两广新军军医学堂，附设于北较场陆军医院内。聘请日本医学博士山本三树为总教习，梅田郁藏为分教习，猪子森朋为药学教习，西峙龟吉为本科教习，其他教习尚有三河内省等。时适值科举初废，故所招收之学生，多属举人贡生及平时曾习国医者。

两广当局，乃以“御医”卢秉政为监堂兼中医教授，另派将弁学校监督周善培兼任军医学堂总办。成立之初，招收学生约有百余人，分甲、乙两班，前者属医科，而后者属于药科。

1906年，周馥继岑春煊督粤，派观察（道台）黄良弼为总办，专门负责办理军医学堂事宜。将原有学生100余人重加甄汰，约开除者大半，仅留及格者36人，以其中26人学习医科，余10人学习药科，合并为甲班。该班于宣统元年（1909年）毕业，继又派员往香港招收熟练英文的学生30人为乙班，用英文直接教授。此时校名已改称为广东陆军军医学堂，先后由温宗尧、李湛阳、王秉恩、朱荣藻、黄榜书、钟文邦等担任总办或帮办，又聘请美国医学博士郑豪、祢翮云、左吉帆等为教师，于宣统末年（1911年）毕业。继又再招丙班60人。

民国成立，是时两广陆军军医学堂又改名为广东陆军军医学校，派甲班毕业生李宗泰医生为校长，将原有丙班学生重新甄别，只留30人，另再招新生30人，合成为丙班，从一年级起，直接用日文授课，校址不久迁至南关太平沙。该校向来直隶于北京政府陆军部，至民国三年（1914年），当时的教育部以陆军部不应设办普通学校为理由，呈准将该校改隶教育部，改编为广东公立医药专门学校，并将校址迁至九曜坊旧贡院（即现西湖路南方戏院及九曜园一带）。