广东海洋大学学报以全面反映本校最新科研成果，促进国内外学术交流，为我国社会主义市场经济建设服务为办刊旨,突出海洋、水产特色。设自然科学版（第一、三、四、六期）和社会科学版（第二、五期）。自然科学版主要刊登海洋与水产科学基础理论，海洋环境调查与保护，海洋、水产资源开发与利用，海洋渔业，渔船、渔业机械与仪器，水产增养殖技术，水产病害防治，水产品加工、贮运与综合利用等方面的学术论文。“海洋论坛”为社会科学版重点栏目。1992年获全国优秀水产报刊三等奖，1995年获全国高校自然科学优秀学报三等奖，1998年获全国优秀水产报刊二等奖。2002年，分别获广东省委宣传部、省新闻出版局、省科技厅、省期刊学会联合举办的第三届广东省期刊优秀作品评选一等奖和三等奖。2008年由教育部科技司委托中国高等学校自然科学学报研究会举办的“第二届中国高校精品·优秀·特色科技期刊奖”评比活动中，我校学报被评为“中国高校特色科技期刊”。 《广东海洋大学学报》1992年入选首批中国科技论文统计源期刊，2004年被国家科技部收录为“中国科技核心期刊”。 至2005年，学报已成为联合国粮农组织下属的“水科学和渔业情报”系统（ASFIS）编辑出版的《水科学和渔业文摘》(ASFA)核心收录期刊，中国期刊全文数据库（CJFD）全文收录期刊、中国学术期刊综合评价数据库统计刊源期刊、国家科技部“中国科技论文统计源期刊”（中国科技核心期刊）、中文科技期刊数据库收录期刊，并被《中国水产文摘》《食品文摘》《中国生物学文摘》《全国报刊索引（科技版）》等文摘刊物收录。