构造不整合（structure unconformity）是指新、老岩层的形变彼此不协调，上下构造走向不同，褶皱形态不相一致的现象。其形成原因可能为：①新老岩层形变的时期不同，它们的构造应力场状态也不一样，各分属不同构造体系的组分；②在后期构造形变中，新、老岩层间产生的上下构造不符合，即“构造脱顶”现象。构造不整合是从构造形变而言，不是指地层接触关系。一般说来，前者地层不整合往往伴随着构造不整合发生；后者尽管构造不整合十分显著，却没有地层不整合存在。